Projekt prestavby sponzorovali Španieli Cruz y Ortiz, výstavu navrhol Jean-Michel Wilmotte a reštauráciu uskutočnil Van Hoogevest Architecten. Úlohou architektov bolo prispôsobiť objemnú budovu hlavnému prúdu eklekticizmu, ktorú v roku 1885 postavil Petrus (Pierre) Kuypers, pre potreby múzea 21. storočia. Svieže interiéry odvádzali pozornosť od exponátov, nebolo dostatok miesta pre obidve výstavy a sprievodný program, nebolo možné zariadiť stálu expozíciu podľa jednotného systému a pod.
Teraz sú všetky exponáty z 12. až 20. storočia usporiadané v prísnom chronologickom poradí podľa podlaží zdola nahor a chronológia je podporená farebnou schémou: farba na stenách sa pri pohybe nahor postupne zosvetľuje a dosahuje takmer biela v sálach moderného umenia. Všetky diela boli zároveň aranžované novým spôsobom, s výnimkou toho najdôležitejšieho - „Nočná hliadka“od Rembrandta, ktorý sa vrátil na svoje niekdajšie miesto v „Galérii cti“, kde sa nachádzajú diela Zlatej Vystavený je vek holandského umenia.
Architekti podľa už zavedenej schémy výstavby múzeí zablokovali dve nádvoria budovy presklenými strechami a tiež ich prehĺbili na úroveň -1 poschodia, pričom predtým odstránili neskoršie prístavby, ktoré ich zaberali. Potom pod jedno nádvorie umiestnili hľadisko, pod druhé muzeálny obchod a kaviareň. Samotné nádvoria sa zmenili na priestranné verejné priestranstvá, do ktorých je prístup aj bez zakúpenia lístka. Ich steny tvoria dvorové fasády múzea a nové povrchy sú obložené svetlým kameňom. Antonio Cruz a Antonio Ortiz vzali do úvahy chybu Normana Fostera, na ktorého nádvorí Britského múzea je akýkoľvek zvuk zreteľne počuteľný a dokonca sa ozýva, takže v Rijksmuseum sú zvuky tlmené bielymi mriežkami so zvukotesným materiálom zaveseným na stropoch.
Hlavným problémom architektov však bolo spojenie dvoch nádvorí do jedného celku. Historická budova má chodbu pre chodcov a cyklistov v strede fasády, ktorá umožňuje rýchly prechod cez budovu. V rámci projektu rekonštrukcie sa počítalo s jeho premenou na hlavný vchod do múzea, ktorý spája obe nádvoria, ale obyvatelia mesta sa vzbúrili a teraz je chodba zachovaná v pôvodnej podobe, do múzea sa dá dostať štyrmi malými vchodmi a bola položená podzemná chodba. pod ním, vzájomne spájajúce nádvoria.
Múzeum bolo z dôvodu rekonštrukcie zatvorené v roku 2003 a otvorené malo byť už v roku 2008. Desaťročné obdobie práce sa vysvetľuje skutočnosťou, že bolo potrebné vyvinúť obrovské úsilie na vybudovanie podzemných úrovní vo vode naplnenej pôde v Amsterdame a na taký zložitý projekt nebol dodávateľ. Inžinieri spoločnosti Arcadis urobili nové podzemné časti budovy konštrukčne nezávislé od historickej štruktúry, pretože pomaly utíchala. Preto sa pozemná chodba a „Galéria cti“umiestnené nad podzemnou chodbou medzi dvormi zmenili na „most“, ktorý visí nad ňou. Vykopané jamy sa okamžite naplnili vodou, preto sa na ne vyliali špeciálny betón na podmorské práce a proces kontrolovali potápači.
Rozpočet projektu bol 375 miliónov eur, jeho súčasťou je však aj výstavba samostatného pavilónu ázijského umenia umiestneného v strede rybníka, prispôsobenie parku sochárskej záhrade projektom Copijn Landschapsarchitecten (14 500 m2), výstavba vstupnej budovy služieb, rekonštrukcia historickej Školy kreslenia (Teekenschool) ako múzejného vzdelávacieho centra, ako aj výstavba budovy múzejných dielní pri Rijksmuseum, zlúčená s ďalšou budovou Kuypers - bývalým Inštitútom pre Bezpečnosť a ochrana zdravia pri práci.
Obnova múzea však ešte nie je dokončená: počas rekonštrukcie zostalo otvorené
krídlo spoločnosti Philips sa teraz zmení na moderný dočasný výstavný priestor. Autormi projektu sú tiež Cruz y Ortiz.
