V komplexe múzea je zrekonštruovaná elektráreň zo začiatku 20. storočia, murovaná stavba s neoklasicistickou štukovou výzdobou, do ktorej sú vsadené kryštalické tvary charakteristické pre Libeskind. Z vonkajšej strany sa čítali ako kubické a pretiahnuté modré objemy nehrdzavejúcej ocele vyčnievajúce z podláh budovy. Sú vo forme dvoch písmen hebrejskej abecedy - „klobúk“a „jód“, ktoré spolu tvoria motto Libeskindovho projektu L'Chaim, čo znamená „do života“. Sú však čitateľné, iba ak sa na budovu pozriete zhora, ktorá je pre bežného návštevníka múzea neprístupná.
Vo vstupnej hale múzea je múr oproti vchodu lemovaný zvýraznenými reliéfnymi líniami, ktoré tvoria slovo „pardes“, čo znamená „rajská záhrada“, a tiež symbolizujú štyri úrovne chápania Tóry. Ale tento prvok projektu je tiež ťažko vnímaný kvôli ostrým ohybom v hale.
Na hlavnej - prvej vrstve komplexu - sa nachádza aj auditórium (na strope ktorého je abstraktne zobrazená mapa Svätej zeme), vzdelávacie centrum a galérie. Na druhom poschodí sú administratívne priestory a rovnomenná výstavná sieň vpísaná do obrovskej kocky písmena „jód“osvetlená 36 polygonálnymi oknami.
Sám Libeskind zdôrazňuje rozdiel medzi budovou v San Franciscu a jeho židovskými múzeami v starom svete: kalifornská budova nemá pečať katastrofy holokaustu, ktorá je nevyhnutne prítomná v jeho európskych projektoch. Jazyk architektúry Libeskindu však zostal nezmenený: ostré prerušované čiary, ktoré predtým symbolizovali historickú tragédiu, by teraz mali predstavovať „stánky nebies“prosperujúcej židovskej diaspóry na pobreží Tichého oceánu.
