V roku 1966 bol Utzon pozastavený zo svojho projektu pre finančné nezhody, ktoré mal s austrálskymi úradmi. Architekti, ktorí pokračovali vo výstavbe divadla, presunuli opernú sálu dovnútra budovy a k projektu pridali aj niekoľko ďalších, pôvodne neplánovaných, sál.
Výsledkom je, že hlavná sála opery má vzhľadom na jej nedostatočnú veľkosť priemerné akustické kvality, niektorí hudobníci jeho orchestra musia sedieť v hĺbke 12 m oproti javisku a baleríny opúšťajúce javisko musia byť poistené, aby že nenarazia na betónové steny: aby sa dokázali zastaviť, jednoducho nie.
Utzon teraz navrhuje znížiť úroveň podlahy haly o 4 metre, pričom sa využije priestor administratívnych a technických priestorov pod ňou, a pre nich zase vyrezať nové oddelenia v skalnatom pieskovcovom základe, na ktorom divadlo stojí. Zlepší sa tak zvuk hudby a za pódiom bude viac voľného priestoru.
Samotný Jorn Utzon nebude môcť prísť z Dánska do Sydney: v jeho 88 rokoch to bude pre neho príliš ťažké. Ak orgány schvália projekt, jeho syn Ian bude dohliadať na realizáciu projektu.
