Túto objednávku prijal ešte v roku 1998 japonský architekt Arata Isozaki. Navrhol postaviť halu z ocele a kameňa, ktorá by zaberala celé malé námestie Piazza del Grano východne od budovy múzea, v ostrom kontraste s palácom zo 16. storočia, ktorý navrhol Giorgio Vasari.
Všetkých 6 rokov po zverejnení návrhu Isozakiho sa v Taliansku viedli búrlivé diskusie o uskutočniteľnosti jeho implementácie, dôležitosti zachovania tradícií a schopnosti florentských úradov stavať nové budovy, čo je príklad kvalitnej modernej architektúry.
Vykopávky sa začali na námestí Piazza Grano minulý rok a odhaľovali pozostatky stredovekých budov z obdobia pred Palazzo Uffizi. Napriek tomu, že podľa tam pracujúcich archeológov by nálezy nemali zasahovať do stavby, minister Urbani uviedol, že pri rozhodovaní o jej zrušení hrali rozhodujúcu úlohu. Isozaki musí teraz do júna tohto roku zrevidovať svoj projekt tak, aby zahŕňal pozostatky starodávnych štruktúr. Nie je jasné, či sa plán architekta zrealizuje, aj keď splní všetky podmienky, pretože veľa podporovateľov projektu má podozrenie, že hlavné dôvody nie sú kultúrne, ale politické.
